单位高额违约金是可以申请仲裁的，但具体仲裁结果取决于违约金的约定是否合法有效以及是否存在违反法律法规的情形。
首先，要明确的是，无论是事业单位还是其他类型的单位，与员工之间约定的违约金条款，如果是双方真实意思表示，且不存在违反法律法规强制性、禁止性规定等无效情形，那么该条款通常是有效的。在双方发生争议时，可以依据该条款进行处理。
然而，在实际操作中，对于单位高额违约金的仲裁申请，仲裁机构或法院会进行严格的审查。他们会考虑以下几个因素：
违约金的合理性：仲裁机构或法院会评估违约金的数额是否过高，是否超出了员工的实际损失或单位的合理预期。如果违约金数额过高，可能会被认定为显失公平，从而导致条款无效。
违约金的约定方式：单位在与员工约定违约金时，必须确保约定方式合法、明确且具体。如果约定方式存在歧义或不明确，可能会导致条款无效或引发争议。
员工的违约行为：仲裁机构或法院会审查员工的违约行为是否确实存在，以及该行为是否构成了对单位合法权益的侵害。如果员工没有违约或违约行为轻微，那么单位要求支付高额违约金的请求可能不会被支持。
因此，如果你认为单位与你约定的违约金过高或存在其他不合法情形，你可以向当地的劳动人事争议仲裁委员会提起仲裁申请。在申请时，你需要提供充分的证据来证明你的主张，包括违约金条款的约定方式、数额以及你的违约行为等情况。
最后，我想提醒你的是，在处理这类问题时，一定要保持冷静和理性。如果你对仲裁结果不满意或认为存在其他法律问题，你可以及时向我咨询，我会为你提供专业的法律建议和帮助。