针对您提出的问题“新一层董事会董事长自主决定在设经理直接任命二位副经理、不按章程合法吗”，首先给出明确的结论：董事长不按照公司章程的规定直接任命副经理，这一行为很可能不合法。下面我将从几个方面详细解释这一结论：

1. 公司章程的法律地位：

   • 公司章程是公司的基本法律文件，它规定了公司的组织结构、职权分配、决策程序等核心内容。
   • 章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员等具有法律约束力，必须严格遵守。

2. 董事长的职权与限制：

   • 董事长作为公司董事会的负责人，其职权通常包括召集和主持董事会会议、签署公司重要文件等。
   • 但是，董事长的职权并非无限制的，他/她必须按照公司章程的规定行使职权。
   • 如果公司章程规定了副经理的任命程序，董事长必须遵循这一程序，不能擅自决定。

3. 副经理的任命程序：

   • 通常情况下，副经理的任命需要经过一定的程序，如提名、审议、表决等。
   • 这些程序旨在确保任命的公正性、透明性和合法性。
   • 如果董事长直接任命副经理，而未经过规定的程序，这将违反公司章程和公司治理原则。

4. 可能的法律后果：

   • 如果董事长的行为被认定为违法或违规，他/她可能需要承担相应的法律责任。
   • 这包括但不限于被要求纠正违法行为、赔偿损失、接受行政处罚等。
   • 同时，这一行为也可能对公司的声誉和信誉造成负面影响。

综上所述，董事长不按照公司章程的规定直接任命副经理是不合法的。建议董事长在行使职权时严格遵守公司章程和公司治理原则，确保公司的决策程序和任命程序的合法性和合规性。如果您对此有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。