公司章程规定财务负责人由公司董事会任命是合法的。以下从多个角度对此进行详细分析：
法律背景与依据
公司自治原则：
- 根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，公司章程是公司内部的“宪法”，具有最高的法律效力。公司有权根据自身情况，在公司章程中规定公司组织机构及其职权，包括财务负责人的任命方式。
- 只要公司章程的规定不违反法律、行政法规的强制性规定，不损害公司、股东、债权人的利益，就是有效的。
董事会职权：
- 董事会是公司的执行机构，负责公司的日常经营和管理。根据《公司法》的规定，董事会有权决定聘任或者解聘公司经理及其报酬事项，并根据经理的提名决定聘任或者解聘公司副经理、财务负责人及其报酬事项。
- 因此，公司章程规定财务负责人由董事会任命，是符合《公司法》关于董事会职权的规定的。
实际操作与考量
公司章程的制定与修改：
- 在制定或修改公司章程时，应充分考虑公司的实际情况和治理结构，确保公司章程的规定既符合法律要求，又能满足公司运营的需要。
- 如果公司章程已经规定了财务负责人由董事会任命，那么在实际操作中，公司应按照章程的规定执行，确保任命程序的合法性和有效性。
股东会与董事会的权限划分：
- 虽然公司章程可以规定财务负责人由董事会任命，但这也需要考虑到股东会与董事会之间的权限划分。股东会作为公司的权力机构，有权对公司的重大事项进行决策，包括修改公司章程等。
- 因此，在制定或修改公司章程时，应确保股东会与董事会之间的权限划分清晰、合理，避免出现权限冲突或模糊的情况。
保护相关方利益：
- 在任命财务负责人时，公司应确保任命程序的公开、公平、公正，避免出现利益输送或损害公司、股东、债权人利益的情况。
- 同时，公司还应建立健全的内部控制制度，对财务负责人的职权进行监督和制约，确保其依法履行职责，维护公司的财务安全和稳定。
可能的法律后果
- 如果公司章程的规定违反了法律、行政法规的强制性规定，或者损害了公司、股东、债权人的利益，那么该规定可能被认定为无效。
- 如果公司在任命财务负责人时未按照公司章程的规定执行，或者任命程序存在瑕疵，那么该任命可能被认定为无效，公司可能需要承担相应的法律责任。
建议：公司在制定或修改公司章程时，应充分考虑公司的实际情况和治理结构，确保公司章程的规定既符合法律要求，又能满足公司运营的需要。同时，在任命财务负责人时，公司应严格按照公司章程的规定执行，确保任命程序的合法性和有效性。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。