结论前置：章程里规定三年后重新任命总经理是合法的，但前提是这一规定不违反相关法律法规，且不侵犯股东或其他利益相关者的合法权益。

分析说明：

1. 公司章程的自治性：

   • 公司章程是公司的基本法律文件，它规定了公司的内部管理和外部关系的基本规则。
   • 章程具有自治性，即公司可以在不违反法律法规的前提下，根据自身的实际情况和需要，制定适合自身发展的规定。

2. 总经理的任命与更换：

   • 总经理作为公司的高级管理人员，其任命和更换通常受到公司章程的约束。
   • 章程中可以规定总经理的任期、任命程序、更换条件等。

3. 三年后重新任命的合法性：

   • 如果公司章程中明确规定总经理的任期为三年，并在任期届满后重新进行任命，这是符合公司章程自治性原则的。
   • 只要这一规定没有违反相关法律法规（如《公司法》等），且没有侵犯股东或其他利益相关者的合法权益，那么它就是合法的。

4. 可能的风险与注意事项：

   • 在制定或修改公司章程时，应确保相关规定不违反法律法规，特别是关于公司治理、股东权益保护等方面的规定。
   • 总经理的任命和更换应遵循公平、公正、公开的原则，确保程序的合法性和透明度。
   • 如果章程中的规定可能引发争议或纠纷，建议及时咨询专业律师进行风险评估和合规审查。

综上所述，章程里规定三年后重新任命总经理是合法的，但前提是必须遵守相关法律法规和公司章程的规定，确保程序的合法性和公正性。如果有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。