工厂按时间算工资时，旷工扣工资通常是基于以下几个原因和法律依据：
劳动合同约定：
- 大多数工厂的劳动合同中会明确规定员工的工作时间、工资计算方式以及旷工的处罚措施。旷工扣工资往往是作为对员工未履行劳动义务的一种经济处罚，这在合同中通常会有明确条款。
企业管理规章制度：
- 工厂为了维持正常的生产秩序和纪律，会制定一系列的管理规章制度。这些制度中往往会包含对旷工行为的处理规定，如扣减相应工资作为惩罚，以确保员工遵守劳动纪律。
劳动法规定：
- 根据劳动法的相关规定，员工应当按时出勤并提供劳动。旷工行为违反了这一基本义务，因此工厂有权依据法律规定和合同约定对员工进行相应处理，包括扣减工资。
公平性与激励性：
- 工厂通过扣减旷工员工的工资，一方面是为了维护企业的正常运营和劳动纪律，另一方面也是为了体现公平性原则。如果旷工行为不受到任何处罚，那么其他按时出勤的员工可能会感到不公平，从而影响整个团队的工作积极性和效率。
综上所述，工厂按时间算工资时旷工扣工资是基于劳动合同约定、企业管理规章制度、劳动法规定以及公平性与激励性等多方面的考虑。如果你对具体的扣工资情况有疑问或认为处理不公，可以向我详细咨询，我会根据你的具体情况给出更专业的建议。