结论前置：工厂是否有权利因员工旷工扣工资，主要取决于工厂的规章制度是否合法有效，以及旷工行为是否给工厂造成了实际损失。在合法合规的前提下，工厂可以依据规章制度扣除旷工员工的工资，但扣除的金额和方式必须合理且符合法律规定。

详细分析：

1. 规章制度合法性：

   • 工厂有权根据自身的经营管理和劳动纪律需要，制定关于旷工的处罚措施，包括扣除工资。但这些规章制度必须内容合法、程序合法，且已经向劳动者公示或告知。例如，规章制度应当经过职工讨论，确保不违反法律法规的规定，并保障劳动者的合法权益。
   • 如果工厂的规章制度未经民主程序制定，或者未向员工公示，那么以旷工为由扣工资就缺乏法律依据，员工有权拒绝并可以向劳动监察部门投诉。

2. 扣薪标准与合理性：

   • 工厂制定的扣薪标准应当合理且明确，不能采取不合理的扣除方式，如“旷一天罚三天”等。旷工期间的工资可以按照旷工的天数乘以员工的日工资来计算，并予以扣除。
   • 根据《工资支付暂行规定》及相关法律法规，如果因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，且每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

3. 旷工造成的实际损失：

   • 如果员工的旷工行为直接导致工厂遭受了经济损失，如项目延误、客户流失等，工厂有权要求员工赔偿这部分损失。赔偿金额可以从员工工资中扣除，但同样需要遵守上述关于扣薪比例和最低工资标准的限制。

4. 员工权益保护：

   • 员工在遭遇不合理的旷工扣工资时，有权向工厂提出异议，并要求工厂给出合理的解释和依据。
   • 如果工厂的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益，劳动者有权解除劳动合同，并要求工厂支付经济补偿金。
   • 劳动者还可以依法申请劳动仲裁或提起诉讼，维护自身的合法权益。

举例说明：

假设某工厂规章制度规定，旷工一天扣发当日工资，且该制度已经过民主程序制定并向员工公示。某员工旷工一天，其日工资为200元，那么工厂可以依法扣发其200元工资。但如果该员工当月工资总额为4000元，工厂试图扣发其800元（即旷工四天工资）作为处罚，这就超过了当月工资的20%（即800元虽未直接超过，但若连续旷工多日，累计扣除可能超限），且若扣除后剩余工资低于当地最低工资标准，则工厂的行为就是违法的。

建议与总结：

工厂在处理员工旷工问题时，应首先确保自己的规章制度合法、合理，并严格按照法律规定进行扣钱处理。同时，员工也应遵守工厂的规章制度，避免无故旷工给工厂和自己带来不必要的麻烦。在出现争议时，双方应本着友好协商的原则进行解决。如果协商不成，员工可以向劳动监察部门投诉或依法申请劳动仲裁、提起诉讼来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。