针对您提出的“证书补贴未在劳动合同中约定怎么证明”的问题，虽然直接关于证书补贴的证明并不完全等同于劳动关系的证明，但可以借鉴劳动关系证明的方法来处理。当证书补贴未在劳动合同中明确约定时，您可以通过以下几种方式来证明其存在和有效性：

一、书面证据收集

1. 工资支付凭证或记录：检查您的工资条或银行流水，看是否有与证书补贴相关的支付记录。如果有，这将是最直接的证明。
2. 公司政策或规章制度：查看公司是否发布了关于证书补贴的相关政策或规章制度，这些文件通常会在公司内部公告、员工手册或电子邮件中体现。
3. 补贴申请表或确认函：如果您曾申请过证书补贴，并且公司有相关的申请表或确认函，这也是证明补贴存在的重要证据。

二、间接证据收集

1. 证人证言：询问同事或上级是否了解该补贴政策，并请他们提供证言。特别是那些与您同时期申请或已经获得补贴的同事，他们的证言将更具说服力。
2. 工作邮件或聊天记录：检查您与公司相关部门或人员的邮件往来或聊天记录，看是否有提及证书补贴的内容。

三、法律途径

如果上述方法都无法获得有效证据，且公司与您就此产生争议，您可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。根据《劳动和社会保障部关于确立劳动关系有关事项的通知》等相关法规，即使劳动合同中未明确约定，但如果您能提供足够证据证明公司确实存在支付证书补贴的惯例或承诺，法院或劳动仲裁机构也可能会支持您的主张。

综上所述，证明证书补贴未在劳动合同中约定但确实存在，需要您从多个角度收集证据，并尽可能形成完整的证据链。同时，保持与公司相关部门的沟通也是解决问题的关键。如果争议无法协商解决，您可以考虑寻求法律援助。