当店铺撤店导致怀孕员工的劳动合同终止时，根据相关法律法规，用人单位应当给予怀孕员工一定的经济补偿和特殊照顾。以下是对此问题的详细解答：
一、经济补偿
依据与标准：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条的规定，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，则向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
- 如果劳动者的月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，经济补偿的标准将按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
特殊照顾：
- 考虑到怀孕员工的特殊情况，用人单位在终止劳动合同时，除了按照上述标准支付经济补偿外，还应从有利于劳动者的原则出发，一次性支付女职工三期（孕期、产期、哺乳期）内的生活费、产假工资、生育费用等。
- 三期内的生活费应不低于当地最低工资标准的百分之八十。
二、操作流程
通知与协商：
- 用人单位在决定撤店前，应提前通知怀孕员工，并与其进行协商，明确劳动合同终止的时间和经济补偿等事宜。
支付经济补偿：
- 根据协商结果和法律法规的规定，用人单位应按时足额支付怀孕员工应得的经济补偿和特殊照顾费用。
办理离职手续：
- 在支付完经济补偿后，用人单位应与怀孕员工办理离职手续，包括但不限于工作交接、社保关系转移等。
三、注意事项
- 用人单位在撤店过程中应严格遵守相关法律法规，确保怀孕员工的合法权益得到保障。
- 如果用人单位未按照规定支付经济补偿或特殊照顾费用，怀孕员工有权向当地劳动监察部门投诉或申请仲裁。
综上所述，当店铺撤店导致怀孕员工的劳动合同终止时，用人单位应按照法律法规的规定支付经济补偿和特殊照顾费用，并确保操作流程的合规性。