对于不能过户的房子，写协议是否有效这个问题，需要从两个方面来分析：

一、协议本身的有效性

首先，如果协议是双方真实意思的表示，内容没有违反法律法规的强制性规定，也不违背公序良俗，那么这份协议在双方之间通常是有效的。这意味着，从合同法的角度来看，只要协议满足上述条件，它就被视为一份有效的合同，对双方都具有约束力。

二、物权变动的问题

然而，需要注意的是，即使协议有效，但房子未能完成过户手续，物权并未发生转移。根据我国法律规定，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，必须经依法登记才能发生效力。未经登记，不发生效力。这意味着，尽管双方签订了有效的协议，但只要房屋没有完成过户登记，卖方仍然拥有房屋的所有权，并有可能将房屋再次处分给其他人。

风险与建议

因此，虽然协议可能有效，但其中存在一定风险。为了保障自己的权益，建议尽量办理房屋的过户手续。如果由于特殊原因暂时无法过户，双方应密切关注房屋的情况，并保持沟通，确保自己的权益不会受到侵害。同时，也可以在协议中约定相应的违约责任和赔偿条款，以进一步降低风险。

综上所述，对于不能过户的房子写协议是否有效这个问题，需要综合考虑协议本身的有效性和物权变动的问题。虽然协议可能有效，但由于物权未发生转移，存在一定风险。因此，建议尽量办理过户手续以保障自身权益。