关于“采购回扣与公司协商好退还公司不追究是否会立案”的问题，我可以给出以下分析：
首先，结论前置：即便公司与涉事人员就采购回扣问题达成和解，并表示不追究，但该行为若构成商业贿赂等违法犯罪，相关部门仍有可能立案调查，并依法追究法律责任。
详细分析：
回扣行为的本质：
- 回扣行为本身可能构成商业贿赂，违反了相关法律规定，严重破坏市场公平竞争秩序，损害了其他经营者和消费者的合法权益。
公司不追究的效力：
- 公司不追究并不代表行为合法。即便公司内部决定不追究，但公安机关、检察机关等部门在履职过程中若发现相关线索，仍会基于职责和法律规定进行立案处理。
立案的可能性：
- 若回扣行为涉及金额较大、情节严重或有其他严重后果，达到了刑事立案标准，相关部门将依法追究刑事责任，这一过程与公司的态度无关。
退还回扣的影响：
- 退还回扣并不代表免予立案。司法机关会依据案件的具体情况，如行为的性质、情节的严重程度、对商业秩序和他人权益的损害程度等因素，综合判断是否达到立案标准。
法律建议：
- 对于涉及回扣的行为，无论公司是否追究，涉事人员都应认识到其可能构成的违法性，并主动配合相关部门的调查。
- 若担心自己涉及此类问题，建议尽早咨询专业律师，了解可能的法律后果，并寻求合适的法律帮助。
总结：
采购回扣问题并非公司内部可以简单和解了之的事项。若构成违法犯罪，相关部门将依法立案处理，并追究相应的法律责任。因此，建议公司和个人在商业活动中严格遵守相关法律法规，避免涉及此类问题。