在行政诉讼二审时，行政机关负责人仍然有可能需要出庭。具体分析如下：
法律依据：
- 根据《中华人民共和国行政诉讼法》第三条第三款及最高人民法院《关于行政机关负责人出庭应诉若干问题的规定》，被诉行政机关负责人应当出庭应诉，这一规定适用于第一审、第二审、再审等诉讼程序。
出庭应诉的情形：
- 涉及重大公共利益、社会高度关注或者可能引发群体性事件等案件，人民法院通常会通知行政机关负责人出庭应诉。
- 在某些特定情形下，如被诉行政行为涉及公民、法人或其他组织重大人身、财产权益，或属于行政公益诉讼等，人民法院也可以通知行政机关负责人出庭应诉。
不能出庭的处理：
- 如果行政机关负责人因不可抗力、意外事件、需要履行他人不能代替的公务等无法出庭的正当事由不能出庭，应提交相关证明材料，并可以申请延期开庭审理。
- 若行政机关负责人无正当理由未出庭应诉，人民法院可以向监察机关、被诉行政机关的上一级行政机关提出司法建议，并在裁判文书中载明相关情况。此外，还可能面临缺席判决的风险，增加行政机关败诉的可能性。
综上所述，在行政诉讼二审时，行政机关负责人是否需要出庭应诉，取决于案件的具体情况以及人民法院的通知。如果案件涉及重大公共利益或社会高度关注，或者人民法院书面建议出庭，那么行政机关负责人应当出庭应诉。如果因正当理由不能出庭，应提前向人民法院提交相关证明材料并申请延期开庭审理。