甲方拨付工程款到农民工专户，应确保该资金专项用于支付该工程建设项目农民工工资。

一. 农民工工资专用账户的设立与用途

1. 设立要求：根据《保障农民工工资支付条例》第二十六条，施工总承包单位应当按照有关规定开设农民工工资专用账户，该账户专项用于支付该工程建设项目农民工工资。这一规定确保了农民工工资的专项支付，避免了资金被挪用。
2. 资金拨付：甲方作为工程款的拨付方，应将工程款中涉及农民工工资的部分直接拨付到农民工工资专用账户，以确保农民工工资的及时支付。

二. 农民工工资专用账户的管理与监督

1. 日常管理：根据《保障农民工工资支付条例》第二十七条，金融机构应优化农民工工资专用账户的开设服务流程，并做好日常管理工作。这包括监控账户资金流动，确保资金按约定拨付。
2. 监督与预警：金融机构若发现资金未按约定拨付，应及时通知施工总承包单位，并由施工总承包单位报告人力资源社会保障行政部门和相关行业工程建设主管部门，纳入欠薪预警系统。这一机制有助于及时发现并纠正农民工工资支付中的问题。

三. 农民工工资专用账户的资金使用

1. 支付流程：根据《保障农民工工资支付条例》第三十一条，分包单位应按月考核农民工工作量并编制工资支付表，经农民工本人签字确认后，交施工总承包单位。施工总承包单位再根据分包单位编制的工资支付表，通过农民工工资专用账户直接将工资支付到农民工本人的银行账户。
2. 资金安全：用于支付农民工工资的银行账户所绑定的农民工本人社会保障卡或者银行卡，用人单位或者其他人员不得以任何理由扣押或者变相扣押，确保资金的安全与农民工的权益。

综上所述，甲方在拨付工程款到农民工专户时，应遵守相关法律法规，确保资金专项用于支付农民工工资，并配合施工总承包单位、金融机构等相关部门做好账户的管理与监督工作。我建议甲方在拨付工程款时，与施工总承包单位明确约定农民工工资的支付比例和支付时间，以确保农民工工资的及时、足额支付。如有进一步需要，您可以继续咨询我。