甲方支付在农民工工资专户的钱一般不可以直接算在建工程。下面我将从几个角度对此进行解释：

1. 资金性质与用途：

   • 农民工工资专户的资金是专门用于支付农民工工资的，具有特定的用途和性质。
   • 在建工程通常指的是正在建设中的固定资产，如建筑物、构筑物等，其资金来源于工程投资，用于购买材料、支付施工费用等。
   • 因此，从资金性质和用途上来看，农民工工资专户的资金与在建工程的资金是有所区别的，不能直接混为一谈。

2. 会计处理：

   • 在会计处理上，农民工工资专户的资金通常会被作为应付职工薪酬或类似科目进行核算。
   • 而在建工程则会有专门的会计科目进行核算，如“在建工程”科目。
   • 这两者在会计上是分别进行处理的，不会将农民工工资专户的资金直接计入在建工程。

3. 法规依据：

   • 根据相关法律法规，农民工工资应当专款专用，确保农民工的合法权益得到保障。
   • 将农民工工资专户的资金算入在建工程，可能会涉嫌挪用或滥用资金，违反相关法律法规的规定。

综上所述，甲方支付在农民工工资专户的钱一般不可以直接算在建工程。这是由资金性质、用途、会计处理以及法规依据等多方面因素所决定的。如果在实际操作中遇到类似问题，建议咨询专业会计或法律人士进行进一步确认和处理。