是的，工程里农民工专户与工程款在法律和实务操作中应当是单独分开的。这一做法主要基于以下几个方面的考虑：
法律保障农民工权益：
- 根据相关法律法规，农民工工资应当得到优先保障。设立农民工专户，就是为了确保农民工工资能够按时足额发放，避免因工程款拖欠等问题影响农民工的合法权益。
- 农民工专户的资金通常由建设单位或总承包单位直接拨付，用于支付农民工工资，与工程款的其他部分（如材料费、设备费等）相分离，从而确保农民工工资的专款专用。
实务操作中的管理需要：
- 在工程建设过程中，工程款涉及多个方面，包括材料采购、设备租赁、人工费用等。将农民工专户与工程款分开管理，有助于建设单位或总承包单位更清晰地掌握资金流向，提高资金使用效率。
- 农民工专户的设立也有助于监管部门对工程建设资金的监管，确保资金用于合法合规的目的，防止资金挪用或滥用。
风险防控：
- 将农民工专户与工程款分开，可以降低因工程款拖欠或纠纷导致的农民工工资拖欠风险。即使工程款出现纠纷或拖欠，农民工工资仍可通过专户得到保障。
- 这种分离也有助于在发生法律纠纷时，更清晰地界定各方责任，保护农民工的合法权益。
在实际操作中，需要注意以下几点：
- 专户设立与监管：建设单位或总承包单位应当按照相关规定设立农民工专户，并接受相关部门的监管。专户的资金应当专款专用，不得挪作他用。
- 工资支付流程：农民工工资应当通过专户直接支付给农民工本人，避免通过包工头等中间环节支付，以减少工资拖欠和纠纷的风险。
- 合同约定：在工程建设合同中，应当明确约定农民工专户的设立、资金拨付、工资支付等事项，以确保各方权益得到保障。
若遇到相关问题或纠纷：
- 如果建设单位或总承包单位未按照规定设立农民工专户或未按时足额支付农民工工资，农民工可以向相关部门投诉或寻求法律援助。
- 在涉及工程款和农民工工资的纠纷中，各方应当积极协商解决，必要时可以通过法律途径维护自身权益。
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