结论：建设工程中，农民工专户开工资并不一定就意味着存在劳动关系，是否构成劳动关系需根据具体情况进行综合判断。
一、可能构成劳动关系的情形
直接雇佣关系：
- 如果施工单位直接招聘农民工，明确工作岗位、任务、时间等，并按月通过农民工专户支付工资，同时农民工接受施工单位的日常管理和监督，那么这种情况下，农民工与施工单位之间很可能构成劳动关系。
- 例子：施工单位直接招用农民工在工地从事具体工作，制定考勤制度，并通过农民工专户按月发放工资，此时构成劳动关系。
符合劳动和社会保障部规定情形：
- 根据《关于确立劳动关系有关事项的通知》等相关规定，如果用人单位和劳动者符合法律、法规规定的主体资格，农民工受施工单位的劳动管理，从事有报酬的劳动，且农民工提供的劳动是施工单位业务的组成部分，那么即使未签订书面劳动合同，也可认定存在劳动关系。
- 关键点：农民工有工作证、考勤记录、工资支付记录（如农民工专户的工资发放记录）等能证明上述情形的证据。
特殊规定下的认定：
- 如果建筑企业将工程发包给不具有施工资质的组织或自然人，对该组织或自然人招用的劳动者，由具备用工主体资格的发包方（即施工单位）承担用工主体责任。在此情况下，可认定农民工与施工单位存在劳动关系。
二、可能不构成劳动关系的情形
劳务分包关系：
- 如果施工单位将劳务作业合法分包给具有资质的劳务分包公司，农民工由劳务分包公司招用和管理，工资也由劳务分包公司通过农民工专户发放，那么此时农民工与劳务分包公司存在劳动关系，而与施工单位不存在劳动关系。
包工头雇佣关系：
- 在违法转包、分包的情况下，如果包工头自行招用农民工施工，并以自己的名义雇佣农民工，施工单位并不直接对农民工进行管理和指挥，工资由包工头发放而非施工单位，那么通常情况下，农民工与施工单位不存在劳动关系。但部分地区可能会基于保护农民工权益的考虑，要求施工单位承担一定的用工主体责任。
三、法律建议
- 对于农民工：在提供劳动时，应尽量与施工单位或劳务分包公司签订书面劳动合同，明确双方的权利和义务。同时，保留好工作证、考勤记录、工资支付记录等证据，以备不时之需。
- 对于施工单位：应依法与农民工订立书面劳动合同，并加强对农民工的管理和监督。在处理农民工与施工单位之间的劳动关系争议时，应根据具体情况和法律规定进行综合判断，并遵循有利于保护劳动者的原则进行处理。
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