工程款打入农民工工资专户是不符合相关规定的。下面我将对此进行详细分析：

一. 工程款与农民工工资专户的区分

1. 工程款的定义：工程款是建设单位支付给施工单位的用于工程建设的费用，它涵盖了材料费、人工费、设备费等多种费用。
2. 农民工工资专户的性质：根据《保障农民工工资支付条例》第二十六条，施工总承包单位应当开设农民工工资专用账户，这个账户是专项用于支付该工程建设项目农民工工资的，具有专门的用途和独立性。

二. 工程款打入农民工工资专户的不合规性

1. 资金混同风险：如果工程款被打入农民工工资专户，会造成工程款项与农民工工资的混同，这不利于资金的监管和使用，也可能损害农民工的合法权益。
2. 违反专户专用原则：农民工工资专户是专为支付农民工工资而设立的，将工程款打入该账户违反了专户专用的原则，可能导致资金使用的混乱和不当。

三. 正确的做法

1. 工程款应打入指定账户：建设单位应当按照工程施工合同的约定，将工程款拨付到施工总承包单位的指定账户，而不是农民工工资专户。
2. 农民工工资应按时足额支付：施工总承包单位应当通过农民工工资专户，按照约定的周期和办法，按时足额支付农民工工资。

综上所述，工程款不应打入农民工工资专户，而应按照合同约定拨付到指定账户，以确保资金的合规使用和农民工的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。