农民工工资专户工资并非由甲方直接发放。下面我将详细解释这一问题：

一、农民工工资专户的定义与目的

农民工工资专户，是指施工总承包单位在工程项目所在地银行业金融机构开立的，专项用于支付农民工工资的专用存款账户。这一制度的设立，旨在保障农民工的合法权益，确保他们能够按时足额收到工资，避免因工资拖欠而引发的社会问题。

二、工资发放流程

1. 资金拨付：建设单位或施工总承包单位应当按照合同约定，将农民工工资按时足额拨付至农民工工资专户。
2. 工资支付：施工总承包单位或分包单位应当通过农民工工资专户，将工资直接支付到农民工本人的银行账户，严禁以其他形式发放或转由他人代发。

三、甲方的角色

甲方，即建设单位或发包方，在农民工工资支付中主要承担资金拨付的责任。他们需要将农民工工资款项按时足额拨付至施工总承包单位开立的农民工工资专户，但并不直接参与工资的发放过程。

四、法律依据

根据《保障农民工工资支付条例》等相关法律法规，施工总承包单位应当开立农民工工资专户，并用于支付农民工工资。这一规定明确了农民工工资专户的设立和使用要求，以及建设单位、施工总承包单位和分包单位在工资支付中的责任和义务。

综上所述，农民工工资专户工资并非由甲方直接发放，而是由施工总承包单位或分包单位通过农民工工资专户直接支付到农民工本人的银行账户。如果农民工在工资支付方面遇到问题，可以向当地劳动监察部门投诉举报，或者寻求法律援助以维护自己的合法权益。