关于“公司入职军训是否合法”的问题，这主要涉及到劳动法的相关规定以及劳动者与用人单位之间的权利义务关系。

首先，从劳动法的角度来看，入职培训（包括入职军训）是用人单位对劳动者进行的一种职业培训，它是劳动过程的组成部分，也是劳动者履行劳动义务的一种特殊方式。根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位自用工之日起即与劳动者建立劳动关系。这意味着，即使劳动者在入职军训期间并未正式或全面从事岗位工作，也应当视为已经用工，因此，入职军训期间劳动者与用人单位的劳动关系是已经建立的。

其次，关于入职军训的时间安排，如果用人单位将入职军训时间安排在工作日的下班之后或周末，那么根据《工资支付办法》的相关规定，用人单位可能需要支付劳动者相应的加班工资或安排补休。具体来说，如果安排在工作日下班之后，应支付不低于150%的加班工资；如果安排在周末，应安排同等时间的补休，或者支付不低于200%的加班工资。

最后，关于入职军训期间是否应支付工资的问题，根据劳动法的规定，用人单位应当支付劳动者在入职军训期间的工资。因为入职军训是用人单位对劳动者的一种培训，是劳动者履行劳动义务的一部分，所以用人单位不能以双方尚未订立劳动合同或劳动者未正式从事岗位工作为由拒绝支付工资。

综上所述，公司入职军训本身是合法的，但用人单位需要确保军训的时间安排和工资待遇符合劳动法的相关规定。如果用人单位违反了这些规定，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动争议仲裁来维护自己的合法权益。