卖车黄牛开二手车交易发票收3900是否合法，需根据具体情况判断。

一. 合法性分析

1. 发票开具的合法性：根据《中华人民共和国发票管理办法》的相关规定，发票应当由合法的发票开具单位或个人按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性如实开具。如果卖车黄牛并不具备开具二手车交易发票的资质，或者其开具的发票不符合相关规定，那么其行为就是违法的。

2. 收费行为的合法性：对于收费行为，需要看其是否有明确的法律依据或合同依据。如果卖车黄牛在提供二手车交易服务时，事先与买家或卖家明确约定了收费标准和项目，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么其收费行为就是合法的。反之，如果没有明确的约定或者约定违法，那么其收费行为就是不合法的。

二. 实际情况分析

• 如果卖车黄牛具备开具二手车交易发票的资质，并且其收费行为有明确的法律依据或合同依据，那么其收3900元开具二手车交易发票的行为就是合法的。

• 如果卖车黄牛不具备开具二手车交易发票的资质，或者其收费行为没有明确的法律依据或合同依据，那么其收3900元开具二手车交易发票的行为就是不合法的，可能涉嫌非法经营或欺诈等违法行为。

三. 结论与建议

我建议你在遇到此类情况时，首先要核实卖车黄牛的资质和发票的真实性，其次要查看双方是否有明确的合同约定。如果发现卖车黄牛存在违法行为，你可以向相关部门进行举报。同时，在进行二手车交易时，最好选择正规的二手车交易市场或经销商，以确保交易的合法性和安全性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。