公司卖二手车时，选择二手市场代开发票是合法的，但这一过程必须严格遵守国家的相关法律法规，并确保交易的真实性与合法性。以下是对此问题的详细解答：

一、代开发票的基本条件与流程

1. 基本条件：

   • 二手车交易市场经营者可以为二手车直接交易、二手车经纪机构和消费者个人之间的交易，以及二手车经销企业的代购代销业务代开《二手车销售统一发票》。
   • 代开发票服务旨在便利交易双方，但必须建立在真实、合法的交易基础之上。

2. 必要材料：

   • 销售方在代开发票时，需要提供机动车行驶证或机动车登记证书复印件。
   • 同时，还需要提供二手车交易合同以及增值税发票的发票联复印件（如适用）或资产处理证明。

3. 开具流程：

   • 二手车销售统一发票的开具需通过增值税发票管理新系统。
   • 必须使用从增值税发票管理系统服务单位购买的税控开票专用设备，以确保发票的合法性和可追溯性。

二、法律法规的遵循

1. 主要法规：

   • 二手车市场代开发票的行为受到《二手车流通管理办法》和《中华人民共和国发票管理办法》等法规的严格监管。
   • 这些法规对二手车交易市场的经营者、二手车经销企业等在开具发票时的行为进行了明确规范。

2. 合规要求：

   • 在代开发票时，必须确保交易的真实性，不得虚增交易价格或进行无实际交易的代开。
   • 违反规定可能会面临税务部门的处罚，情节严重的还可能涉及刑事犯罪。

3. 费用区分：

   • 在开具发票时，价款金额不应包括二手车交易市场收取的过户手续费或鉴定机构收取的评估费。
   • 这些费用应由款项收取方另行开具服务业发票，以确保费用的透明度和合法性。

三、地区差异与注意事项

• 需要注意的是，不同地区对于二手车市场代开发票的具体流程、要求和监管力度可能存在差异。
• 因此，在进行二手车交易并需要代开发票时，建议咨询当地税务部门或专业律师，以了解具体的法律要求和操作流程。

综上所述，公司卖二手车时选择二手市场代开发票是合法的，但前提是必须严格遵守国家的相关法律法规，并确保交易的真实性与合法性。通过合规的代开发票服务，不仅可以为交易双方提供便利，还能有效维护二手车市场的秩序和消费者的合法权益。