食品安全法允许乙肝病毒携带者从事食品行业。具体分析如下：

一. 法律依据

1. 《中华人民共和国食品安全法》第四十五条：食品生产经营者应当建立并执行从业人员健康管理制度。患有国务院卫生行政部门规定的有碍食品安全疾病的人员，不得从事接触直接入口食品的工作。但此条款并未明确将乙肝病毒携带者列为禁止从事食品行业的人员。
2. 《中华人民共和国食品安全法实施条例》的相关规定也明确指出，不得从事接触直接入口食品的人员中并不包括乙肝病毒携带者。这进一步确认了乙肝病毒携带者可以从事食品行业的法律地位。

二. 平等就业权利

• 乙肝病毒携带者享有与其他人同等的就业权利，不应因其携带乙肝病毒而受到歧视。只要其肝功能正常，且没有其他影响食品安全的疾病，就有权从事食品行业工作。

三. 实际办理健康证的情况

• 乙肝病毒携带者在肝功能正常且没有其他限制性疾病的情况下，是可以办理健康证并从事食品行业工作的。办理过程中需前往指定机构，提交相关材料，并等待审核与发证。

四. 医学科学认知

• 乙肝病毒主要通过血液、母婴和性传播，日常工作和食品操作过程中并不会因正常接触而传播。因此，从医学科学角度来看，乙肝病毒携带者从事食品行业并不会对食品安全构成威胁。

我建议：乙肝病毒携带者在从事食品行业工作时，应严格遵守相关法律法规和食品安全标准，确保食品安全和公共卫生安全。同时，也应定期进行相关检查，以确保个人健康状态符合从业要求。如有进一步需要，您可以继续咨询我。