针对您提出的新员工入职后部门就分离的情况，这确实是一个比较特殊且可能让新员工感到困惑的问题。不过，从法律和实际操作的角度来看，我们可以为您提供一些清晰的指导和建议。
首先，从法律层面讲，根据《劳动合同法》的相关规定，如果用人单位发生合并或者分立等情况，原劳动合同是继续有效的。这意味着，即使新员工入职后不久部门发生分离，其原有的劳动合同仍然具有法律效力，并且会由承继其权利和义务的用人单位继续履行。这一点为新员工提供了法律上的保障，确保其权益不会因部门分离而受到影响。
其次，对于新员工个人而言，面对部门分离的情况，可以采取以下措施来应对：
保持沟通：及时与人力资源部门或相关负责人进行沟通，了解部门分离的具体情况和后续安排。这有助于新员工明确自己的岗位变动、工作职责以及可能涉及的薪资待遇等问题。
适应变化：部门分离可能带来工作环境和职责的变化，新员工需要积极适应这些变化，并尽快融入新的工作环境。这包括了解新的工作流程、与同事建立良好关系以及熟悉新的业务内容等。
关注个人发展：在部门分离的过程中，新员工可以关注自己的职业发展机会。如果分离后的部门或岗位更符合自己的职业规划和发展方向，可以积极争取并努力表现自己，以争取更好的职业发展机会。
了解权益：新员工应了解自己的权益和保障措施，确保在部门分离过程中自己的合法权益不会受到侵害。如果遇到任何问题或疑虑，可以及时咨询人力资源部门或相关法律专业人士。
最后，我们还想提醒新员工注意的是，在部门分离的过程中，可能会涉及到一些保密和信息安全的问题。特别是在涉及敏感信息或商业秘密的情况下，新员工应严格遵守公司的保密规定和操作流程，确保信息的安全和保密性。
综上所述，面对新员工入职后部门就分离的情况，新员工应保持冷静并积极应对。通过及时了解情况、适应变化、关注个人发展以及了解自己的权益和保障措施，新员工可以顺利度过这一特殊时期，并在新的工作环境中取得更好的发展。