用人单位在解除被追究刑事责任劳动者的劳动合同时，应当通过发出解除通知的方式，而不是签订解除协议。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第二十五条以及《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条的明确规定，劳动者如果被依法追究刑事责任，用人单位有权解除劳动合同。这一规定为用人单位提供了明确的法律依据。

2. 解除程序：

   • 用人单位在解除劳动合同前，应当确认员工确实被追究刑事责任，这通常通过获取司法机关的判决、裁定等法律文书来实现。
   • 如果单位设有工会，用人单位还需要提前将解除劳动合同的理由告知工会，保障工会的知情权与参与权。
   • 随后，用人单位以书面形式通知员工解除劳动合同，明确说明解除原因是被追究刑事责任，并注明解除时间等关键信息。

3. 无需签订解除协议：

   • 在这种情况下，由于劳动者被依法追究刑事责任，用人单位有权单方解除劳动合同，无需与劳动者协商或签订解除协议。
   • 解除通知应当明确、具体，并符合法律法规的要求，以确保解除行为的合法性和有效性。

4. 后续手续：

   • 解除劳动合同后，用人单位还需要为员工办理离职手续，包括工作交接、工资结算、出具离职证明等事项。
   • 同时，用人单位应当妥善保管相关证据，以应对可能出现的劳动争议纠纷。

综上所述，用人单位在解除被追究刑事责任劳动者的劳动合同时，应当通过发出解除通知的方式，并确保解除行为的合法性和有效性。如果你对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。