结论前置：员工在书店上班，但合同签的是药店，这样的合同是否有效，取决于合同的具体内容以及实际的工作情况。如果合同中有明确说明或附件表明工作地点包括书店，或者双方有实际履行该合同且未对工作地点提出异议，那么合同可以视为有效。但如果合同中没有相关说明，且双方对工作地点存在争议，则合同的有效性可能会受到质疑。
详细分析：
合同内容的关键性：
- 合同是双方意思表示一致的产物，其内容应明确、具体。如果合同中明确规定了工作地点为药店，但实际工作地点为书店，这就构成了合同内容与实际情况的不一致。
- 然而，如果合同中有条款允许工作地点的变更，或者合同附件中明确列出了可能的工作地点包括书店，那么这种不一致就不会影响合同的有效性。
实际履行情况的影响：
- 如果员工已经在书店工作了一段时间，且双方都没有对工作地点提出异议，那么可以视为双方已经以实际行为修改了合同中的工作地点条款。
- 在这种情况下，即使合同原本规定的工作地点是药店，但由于双方的实际履行行为，合同仍然可以视为有效。
法律后果与建议：
- 如果合同的有效性受到质疑，员工可能会面临被解雇或调整工作地点的风险。同时，雇主也可能需要承担因合同无效而带来的法律责任。
- 因此，建议双方在签订合同时应明确约定工作地点等关键条款，以避免后续的争议。如果已经出现争议，应及时寻求法律帮助，通过协商或诉讼等方式解决。
综上所述，员工在书店上班但合同签的是药店的情况下，合同的有效性取决于合同的具体内容以及实际的工作情况。如果双方对工作地点有明确的约定或实际履行行为支持了工作地点的变更，那么合同可以视为有效。否则，合同的有效性可能会受到质疑。如有进一步的法律问题或需要具体的法律建议，请直接向我咨询。