处理挂靠施工发票问题，需要从多个维度进行考量和操作，以确保合规性并避免潜在的法律风险。以下是一些具体的建议和处理步骤：

一、明确挂靠行为的法律后果

首先，要明确挂靠行为在法律上的禁止性。根据相关规定，施工单位不允许其他单位或个人通过挂靠方式以本单位名义承揽工程，否则将面临法律责任，包括责令停止违法行为、没收违法所得、罚款、责令停业整顿、降低资质等级，甚至吊销资质证书等。

二、识别挂靠施工发票问题的根源

挂靠施工发票问题往往源于以下几个方面：

1. 难以据实取得报销发票：由于建筑行业施工实际多由包工头负责，物料采购难以取得正规发票。
2. 合同约定按比例报销成本费用：当实际施工劳务与材料成本与既定报销比例不一致时，可能引发不实发票或虚开发票。
3. 工程结算滞后于成本实际支付时间：为及时回笼施工成本，一些包工头可能通过代开发票、虚开发票等方式套取工程款。

三、处理挂靠施工发票问题的具体步骤

1. 加强合同管理：在签订施工合同时，应明确发票的提供方、发票类型、开票时间等关键信息，并确保合同内容与实际施工情况相符。
2. 严格发票审核：对于收到的发票，应仔细核对发票内容与实际施工情况是否一致，包括发票品名、金额、开票时间等。对于存在疑点的发票，应及时向开票方或相关部门查询核实。
3. 规范财务流程：建立健全的财务管理制度，确保工程款支付与发票入账的合规性。对于挂靠方提供的发票，应严格按照财务规定进行审核和处理。
4. 加强监管与自查：相关部门应加强对施工行业的监管力度，定期开展自查自纠活动，及时发现并纠正挂靠施工发票问题。同时，鼓励施工单位主动报告问题并积极配合整改。
5. 法律途径解决纠纷：如遇挂靠方提供虚假发票或拒不开具合法发票等情况，应通过法律途径解决纠纷，维护自身合法权益。

四、预防挂靠施工发票问题的措施

1. 提高法律意识：加强对施工行业从业人员的法律培训和教育，提高他们的法律意识和合规意识。
2. 完善行业规范：推动建立更加完善的施工行业规范，明确各方责任和义务，规范市场秩序。
3. 加强信息化建设：利用信息技术手段提高发票管理的效率和准确性，降低人为操作的风险。

综上所述，处理挂靠施工发票问题需要综合考虑法律、合同、财务等多个方面。通过加强合同管理、严格发票审核、规范财务流程、加强监管与自查以及采取预防措施等措施，可以有效解决挂靠施工发票问题并降低潜在的法律风险。