被挂靠人在施工单位被认定为挂靠关系后，一般不能继续以被挂靠人名义为该施工单位开具发票，但需分情况具体分析：
税务合规角度：
- 挂靠关系本身在税务上往往被视为一种不合规的操作模式。根据税收法律法规，发票的开具应当基于真实的交易关系和业务实质。在挂靠关系中，实际施工方（挂靠方）以被挂靠方的名义承接工程并开展业务，但被挂靠方并未实际参与工程的施工管理等活动，若此时被挂靠方继续为施工单位开具发票，很可能导致发票的开具与实际业务不符，构成虚开发票的行为。虚开发票是严重的税收违法行为，会面临税务机关的处罚，包括罚款、没收违法所得，情节严重的还可能涉及刑事责任。
- 例如，某建筑公司A挂靠在有资质的建筑公司B名下承接工程，工程实际由A公司施工，但B公司若为A公司开具与实际工程款项不符的发票，就属于虚开发票行为。
合同与业务实质角度：
- 如果挂靠关系被认定后，相关合同关系也进行了相应的调整和明确，比如实际施工方与建设单位（即施工单位所对应的发包方）重新签订了合同，明确了双方的权利义务关系，且被挂靠方不再参与该工程的任何业务活动。那么在这种情况下，被挂靠方自然没有理由再为该施工单位开具发票，因为其与该工程已无实际的业务往来。
- 反之，如果虽然被认定为挂靠关系，但各方通过协商或法律程序对合同关系进行了合理的变更和延续，使得被挂靠方仍然在某种程度上参与工程的相关事务（这种情况较为特殊且复杂，一般需要严格的法律程序和合同约定），并且符合税务机关对于发票开具的相关规定，那么被挂靠方在符合条件的情况下可能可以继续开具发票。但这种情况需要严格的法律审查和税务合规性评估，以确保不违反法律法规。
法律责任与风险防范角度：
- 对于被挂靠方而言，继续为挂靠方开具发票可能使其承担不必要的法律责任。一旦挂靠方的经营行为出现问题，如拖欠工程款、发生质量事故等，被挂靠方可能因发票开具行为而被牵连其中，面临法律纠纷和经济损失。
- 因此，被挂靠方在挂靠关系被认定后，应谨慎处理发票开具问题，及时与挂靠方、建设单位等相关方进行沟通协商，明确各自的权利义务关系，并按照法律法规和税务机关的要求进行操作，以防范法律风险。
建议：在实际操作中，如果遇到施工单位被认定为挂靠关系后发票开具的问题，建议及时咨询专业的税务律师或税务机关，以确保操作的合法性和合规性。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。