发包人能否起诉被挂靠人虚开发票，需分情况讨论，关键在于被挂靠人开具发票的行为是否符合法律规定，以及发包人是否有证据证明存在虚开行为。具体分析如下：

1. 若被挂靠人开具的发票符合真实交易背景，则不构成虚开发票，发包人无权起诉
   根据《中华人民共和国发票管理办法》第二十一条规定，虚开发票是指“为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票”。若被挂靠人与发包人之间存在真实的工程承包关系，且被挂靠人按照实际完成的工程量、合同约定的价款等真实交易内容开具发票，则发票内容与实际经营业务相符，不构成虚开发票。此时，发包人仅以“挂靠关系”为由主张被挂靠人虚开发票的，缺乏法律依据，法院通常不会支持。

2. 若被挂靠人开具的发票与实际交易不符，则可能构成虚开发票，发包人可依法维权
   若被挂靠人存在以下行为之一，则可能被认定为虚开发票：

   • 无真实交易开具发票：例如被挂靠人未实际施工，仅通过挂靠关系收取管理费，却以自身名义向发包人开具全额工程发票；
     
   • 开具金额与实际不符：例如实际工程量远低于发票金额，或通过虚构工程量、材料采购等方式虚增发票金额；
     
   • 其他与实际经营业务不符的情形：如虚构交易主体、交易时间等。
     若发包人有证据证明被挂靠人存在上述行为（如合同、付款记录、施工日志、第三方审计报告等），可向税务机关举报，由税务机关依法查处；若因虚开发票导致发包人遭受损失（如多缴税款、被税务机关处罚等），发包人还可通过民事诉讼要求被挂靠人赔偿损失。

3. 发包人起诉需注意的实务问题

   • 证据收集：发包人需提供充分证据证明发票内容与实际交易不符，例如：
     
     • 挂靠协议（证明被挂靠人未实际施工）；
       
     • 实际施工人的证明（如分包合同、工人工资发放记录等）；
       
     • 工程量审计报告（证明实际工程量与发票金额不符）；
       
     • 税务机关的认定意见（如税务稽查报告）。
       
   • 诉讼时效：根据《民法典》第一百八十八条，民事诉讼时效为3年，自权利人知道或应当知道权利受损之日起计算。发包人需在时效期内主张权利。
     
   • 行政与刑事风险：若虚开发票情节严重（如金额巨大、涉及偷逃税款等），被挂靠人可能面临行政处罚（如罚款、没收违法所得）甚至刑事责任（如虚开发票罪）。发包人若参与虚开行为（如明知虚开仍接受发票），也可能被牵连。

总结建议：若发包人怀疑被挂靠人虚开发票，应首先通过税务机关举报或申请税务稽查，由专业机构认定是否构成虚开；若已遭受损失，可收集证据后通过民事诉讼索赔。被挂靠人则需确保发票内容与实际交易一致，避免法律风险。如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我会结合证据材料提供更精准的分析。