当公司入职日期与身份证不符影响退休时，应以档案中最先记载的出生年月为准来确定退休年龄，并遵循相关流程办理退休手续。以下是具体分析和应对建议：
一. 确认退休年龄的依据
法律依据：根据劳动和社会保障部1999年3月《关于制止和纠正违反国家规定办理企业职工提前退休有关问题的通知》第二条，对职工出生时间的认定，实行居民身份证与职工档案相结合的办法。当本人身份证与档案记载的出生时间不一致时，以本人档案最先记载的出生时间为准。
实际操作：这意味着在办理退休手续时，如果入职日期（通常与身份证上的年龄相关）与档案中记载的出生时间不符，应以档案中的记录为准来确定退休年龄。
二. 处理入职日期与身份证不符的情况
查证核实：如果发现入职日期与身份证不符，应首先查证核实。这可以通过与常住户口所在地户口登记机关进行联系，提供相关证明材料和线索，以便进行查证。
申请变更：如果查证后找到了确切的出生日期证据，且该证据与身份证上的信息不符，可以携带相关资料和证据到人事部门申请变更。但需要注意的是，按照相关规范性文件的规定，公民出生日期原则上不予更改，除非能提供能证明其实际出生日期的真实有效的有关原始依据及佐证材料等权威原始凭证。
三. 办理退休手续
准备材料：在确定了退休年龄后，可以开始办理退休手续。通常需要准备的材料包括个人档案、在职时工资《个人信息采集表》、《机关事业单位职工退休（退职）审核表》、申报人信息数据盘以及填写完整的退休证等。
办理流程：办理退休手续的流程通常包括先由申报人单位对符合条件人员打印审核表并盖章，再由主管部门审核盖章，最后报送至市人社局机关事业离退休处进行审核。审核无误后，办理正常审核手续并接受数据，同时审核退休证内容并加盖钢印。
四. 特殊情况的处理
年龄差距过大：如果档案年龄与实际年龄差距过大，对职工或干部本人影响较大，可以申请复核，要求重新认定。
客观原因造成的错误：对于因客观原因造成的出生时间错误，原则上不予纠正，但如果确实影响重大，可以依据《中华人民共和国档案法》的相关规定，向档案管理部门提出更正申请。
我的建议：面对公司入职日期与身份证不符影响退休的情况，应首先确认档案中的出生时间记录，并以此为准来确定退休年龄。如有需要，可以携带相关资料和证据到人事部门申请变更。在办理退休手续时，务必确保所有提供的文件和信息都是真实、准确的。如有进一步需要，您可以继续咨询我。