在工程施工中，如果不认可财政审计的结果，是可以申请司法鉴定的。以下是详细的分析和解释：

首先，我们要明确一点，财政审计和司法鉴定在性质上是有所不同的。财政审计通常是由政府部门或相关机构进行的，对工程项目的财务收支情况进行审查和监督。而司法鉴定则是在诉讼或纠纷解决过程中，由专业的鉴定机构或专家对特定问题进行科学、客观的鉴定，为法院或仲裁机构提供判断依据。

在工程施工中，如果当事人对财政审计的结果存在异议，认为其不准确或存在偏差，那么完全有权申请司法鉴定。通过司法鉴定，可以对工程项目的实际情况进行更为专业、细致的评估，从而得出更为准确、公正的结论。

当然，申请司法鉴定需要遵循一定的程序和要求。例如，需要向有管辖权的法院或仲裁机构提出申请，并提交相关的证据和材料。同时，也需要按照规定的程序选择鉴定机构或专家，并进行鉴定。

综上所述，在工程施工中不认可财政审计的结果时，是可以申请司法鉴定的。这不仅是当事人的合法权益，也是确保工程项目公正、准确评估的重要途径。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。