关于员工被羁押但被无罪释放后的工资计算问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：

一、核心结论

员工被羁押期间，若最终被证明无罪并释放，用人单位应当支付被羁押期间的工资。

二、具体分析

1. 工资支付的原则：

   • 根据相关法律法规，员工被羁押并不等同于被定罪。在员工被羁押期间，如果其劳动合同仍然有效，且未被用人单位解除，那么用人单位有义务按照劳动合同约定支付工资。
   • 若员工最终被证明无罪或案件被撤销，其有权要求用人单位补发被羁押期间的工资。补发的标准通常按照员工正常出勤时的应得工资计算，包括基本工资、岗位津贴等固定收入部分。

2. 不同身份员工的处理：

   • 对于国家机关和事业单位工作人员，若被羁押但未判刑或未被劳动教养、治安拘留，原单位应继续发放工资。
   • 对于企业员工（含合同制工人），在被羁押期间，若企业未与员工解除劳动合同，应支付生活费，标准通常为员工原标准工资的75%。但若员工最终被证明无罪，企业应补发全额工资。

3. 特殊情况的处理：

   • 如果员工因被错误限制人身自由导致损失，还可以根据《国家赔偿法》要求赔偿。

4. 法律依据：

   • 《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规规定了用人单位在员工被羁押期间的工资支付义务。
   • 《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》也明确了在员工被限制人身自由期间，用人单位可与其暂时停止劳动合同的履行，但若员工最终被证明无罪，应补发工资。

三、实际操作建议

1. 查阅劳动合同：首先查看劳动合同中关于羁押期间工资支付的具体约定，作为处理争议的首要依据。
2. 与用人单位沟通：若劳动合同中无明确约定，建议与用人单位进行沟通，协商解决工资支付问题。
3. 法律途径解决：若无法与用人单位达成一致，可以通过法律途径解决争议，维护自己的合法权益。

综上所述，员工被羁押但被无罪释放后，用人单位应当支付被羁押期间的工资。若用人单位拒绝支付，员工可以通过法律途径维护自己的权益。