饿了么员工在干了两天后离职，通常不需要被扣除任何额外费用。以下是对此问题的详细分析：
一. 员工离职的权益
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，只要劳动者正常提出辞职并离职，用人单位就应当在离职当天结清所有的劳动报酬，不得扣押员工工资。
二. 特殊情况下的费用扣除
尽管一般情况下离职不应扣钱，但存在特殊情况或相关协议约定时可能有所不同：
员工违反公司规定或造成损失：如果员工在离职前违反了公司的相关规定或给公司造成了经济损失，公司有权依据劳动合同的约定或公司的规章制度要求员工承担相应的赔偿责任。但这种情况下的费用扣除应当合理且事先明确约定。
特殊协议的存在：如果员工在入职时与公司签订了如培训费用分摊、竞业禁止等特殊协议，且这些协议中明确规定了离职时需要扣除一定费用，那么公司在员工离职时扣钱可能是合法的。但扣除的费用应当是合理且事先明确约定的。
三. 应对离职扣钱的措施
如果饿了么员工在离职时遇到公司扣钱的情况，首先应当与公司沟通，了解扣钱的具体原因和依据。如果认为公司的扣钱行为不合法或不合理，可以采取以下措施维护自己的合法权益：
向劳动监察部门投诉举报：员工可以向当地的劳动监察部门投诉，由劳动监察部门介入调查处理。
申请劳动仲裁：员工也可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求公司支付被扣的工资。在申请劳动仲裁时，需要提供相关的证据材料，如劳动合同、工资支付记录等。
四. 总结与建议
综上所述，饿了么员工在干了两天后离职，通常不需要被扣除任何额外费用。但如果存在特殊情况或相关协议约定，公司可能有权扣除一定费用。在遇到离职扣钱的情况时，员工应当与公司沟通并了解扣钱的具体原因和依据，如认为不合法或不合理，可通过法律途径维护自己的合法权益。
我建议饿了么员工在离职前与公司明确沟通工资结算和离职手续等事宜，以避免不必要的纠纷。如有进一步需要，您可以继续咨询我。