被挂靠公司不承认劳动关系时，劳动者应通过收集确凿证据、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁及必要时提起诉讼等途径来维护自身权益。

一. 收集证据证明劳动关系

首先，劳动者需要全面收集能够证明与挂靠公司存在劳动关系的证据。这些证据可能包括但不限于：

1. 工资支付记录：如银行流水、转账记录等，证明挂靠公司定期向劳动者支付报酬。
2. 工作安排文件：如任务分配单、项目计划书、电子邮件等，体现挂靠公司对劳动者的工作安排和管理。
3. 工作证件或标识：如工作证、工牌、带有公司标识的工作服等。
4. 同事证言：在职或离职同事的证人证言，证明劳动者与挂靠公司的劳动关系。
5. 挂靠协议或合同：如果有的话，这是直接证明劳动关系的强有力证据。

二. 向劳动监察部门投诉

收集到足够证据后，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉。提交身份证复印件、证据材料及投诉申请书，详细说明投诉事项、事实和理由。劳动监察部门将对此进行调查核实，并可能责令挂靠公司改正违法行为。

三. 申请劳动仲裁

如果劳动监察部门的处理未能达到预期效果，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。在申请仲裁时，需要提交仲裁申请书、身份证明、证据材料等相关文件。仲裁庭将根据证据和庭审情况作出裁决，确认劳动关系并可能要求挂靠公司承担相应的法律责任。

四. 提起诉讼

如果仲裁结果不满意或挂靠公司不执行仲裁裁决，劳动者可以在规定期限内向人民法院提起诉讼。通过法院审理和判决，最终确定劳动关系并要求挂靠公司承担法律责任。

我建议劳动者在维权过程中保持冷静和理智，注重证据的收集和保存，同时了解相关法律法规和程序，以便更好地应对可能出现的问题。如有进一步需要，您可以继续咨询我。