若工厂员工的加班时间超过每月36小时，工厂可能面临法律风险，需要采取相应措施进行整改。

一. 分析加班时间超标的法律风险

1. 违反劳动法规定：根据《劳动法》第四十一条，用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。因此，加班时间超过36小时，直接违反了这一法律规定。
2. 可能面临的处罚：劳动行政部门有权对违反加班时间规定的工厂进行处罚，包括但不限于警告、罚款、责令改正等。

二. 采取整改措施

1. 立即调整加班安排：工厂应立即调整员工的工作安排，确保加班时间不超过法定限制。可以通过优化生产流程、提高工作效率、合理安排工作任务等方式来减少加班需求。
2. 与员工协商：在调整加班安排时，应与员工进行充分沟通，解释调整的原因和必要性，并听取员工的意见和建议，以确保调整方案的合理性和可行性。
3. 加强劳动法规培训：工厂应加强对管理层和员工的劳动法规培训，提高法律意识，确保工厂运营符合法律法规要求。

三. 后续预防与监督

1. 建立加班审批制度：建立完善的加班审批制度，确保每次加班都有明确的审批流程和记录，以便随时监控加班情况。
2. 定期自查与审计：工厂应定期进行自查和审计，检查加班时间是否超标，及时发现并纠正问题。

我建议，工厂在发现加班时间超过法定限制后，应立即采取行动进行整改，以避免可能的法律风险。同时，加强劳动法规培训和建立有效的加班管理制度，是预防类似问题再次发生的关键。如有进一步需要，您可以继续咨询我。