将住宿补贴、工时补贴、全勤奖等各项补贴作为加班费是不合法的。下面我将对此进行详细分析：
一. 法律法规依据
- 《劳动法》第四十四条：有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
此条款明确规定了加班费的计算标准和支付条件，即加班费应按照劳动者正常工作时间工资的一定比例支付，并未提及可以将其他补贴作为加班费。
- 《工资支付暂行规定》第十三条：用人单位在劳动者完成劳动定额或规定的工作任务后，根据实际需要安排劳动者在法定标准工作时间以外工作的，应按以下标准支付工资：（一）用人单位依法安排劳动者在日法定标准工作时间以外延长工作时间的，按照不低于劳动合同规定的劳动者本人小时工资标准的150%支付劳动者工资；（二）用人单位依法安排劳动者在休息日工作，而又不能安排补休的，按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的200%支付劳动者工资；（三）用人单位依法安排劳动者在法定休假节日工作的，按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的300%支付劳动者工资。实行计件工资的劳动者，在完成计件定额任务后，由用人单位安排延长工作时间的，应根据上述规定的原则，分别按照不低于其本人法定工作时间计件单价的150%、200%、300%支付其工资。经劳动行政部门批准实行综合计算工时工作制的，其综合计算工作时间超过法定标准工作时间的部分，应视为延长工作时间，并应按本规定支付劳动者延长工作时间的工资。实行不定时工时制度的劳动者，不执行上述规定。
此条款同样明确了加班费的支付标准和条件，强调了加班费应按照劳动合同规定的劳动者本人工资标准支付，并未允许将其他补贴替代加班费。
二. 法律分析
住宿补贴、工时补贴、全勤奖等各项补贴是用人单位为了激励员工或补偿员工特定支出而设立的，它们与加班费有本质的区别。加班费是用人单位因安排员工在法定工作时间以外工作而依法应支付的额外报酬，其计算标准和支付条件由法律明确规定。将各项补贴作为加班费，不仅违反了法律法规的规定，也损害了员工的合法权益。
三. 总结
因此，将住宿补贴、工时补贴、全勤奖等各项补贴作为加班费是不合法的。用人单位应严格按照法律法规的规定支付加班费，确保员工的合法权益得到保障。如有进一步需要，您可以继续咨询我。