当公司制度与劳动合同约定不一致时，劳动者的权益保护是一个核心关注点。以下是对这一问题的详细解答：
结论前置：当公司制度与劳动合同内容不一致时，劳动者有权请求优先适用劳动合同的约定。这一权利得到了《中华人民共和国劳动合同法》及相关司法解释的明确支持。
法律解释：
劳动合同的法律地位：
- 劳动合同是劳动者与用人单位之间基于平等自愿原则签订的，直接约束双方权利义务的特殊协议。
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十九条，用人单位与劳动者应当按照劳动合同的约定，全面履行各自的义务。
公司制度的法律地位：
- 公司制度是用人单位为了规范内部管理、提高工作效率而制定的普遍适用于所有员工的一般性规定。
- 虽然公司制度对劳动者具有约束力，但其法律效力在劳动合同之下，当两者不一致时，应优先适用劳动合同的约定。
法律依据：
- 《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第五十条明确指出，经民主程序制定并已公示的规章制度，在不违反法律的前提下，可作为确定双方权利义务的依据。但如与劳动合同内容不一致，劳动者请求优先适用劳动合同的，人民法院应予支持。
- 《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释（二）》第十六条进一步重申了劳动者在规章制度与劳动合同内容不一致时，选择优先适用劳动合同的权利。
实操建议：
劳动者：
- 在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，确保自己的权益得到充分保障。
- 如发现公司制度与劳动合同不一致，应及时与用人单位沟通协商，要求优先适用劳动合同的约定。
- 如协商无果，可向劳动仲裁机构申请仲裁，或向法院提起诉讼以维护自己的合法权益。
用人单位：
- 在制定和修改公司制度时，应确保其与劳动合同内容的一致性，以避免潜在的纠纷。
- 如需变更劳动合同内容，应与劳动者协商一致，并签订书面变更协议。
- 应严格遵守法律法规，确保公司制度的合法性和有效性。
总结：
当公司制度与劳动合同约定不一致时，劳动者有权请求优先适用劳动合同的约定。这是法律赋予劳动者的合法权益，也是维护劳动关系和谐稳定的重要保障。用人单位应尊重并遵守这一原则，确保公司制度与劳动合同内容的一致性，以维护劳动者的合法权益和企业的长远发展。