投标人存在控股管理关系但已退股，不可以直接因此废标。具体分析如下：
一. 退股后的投标资格
- 控股管理关系的禁止：根据《中华人民共和国招标投标法实施条例》第三十四条，单位负责人为同一人或者存在控股、管理关系的不同单位，不得参加同一标段投标或者未划分标段的同一招标项目投标。这是为了防止投标人间存在不正当的利害关系，影响招标的公正性。
- 退股后的变化：然而，如果投标人已经退股，即不再存在控股或管理关系，那么上述禁止性规定就不再适用。退股意味着投标人之间的关联关系已经解除，他们在法律上已经成为独立的实体。
二. 废标的条件
- 废标的法定情形：废标通常基于特定的法定情形，如投标人资格不符合要求、投标文件存在重大瑕疵、投标人存在违法行为等。
- 与退股无关：退股本身并不属于废标的法定情形。除非退股过程中存在违法行为或欺诈等不正当手段，否则不能仅因退股而废标。
三. 实际操作的考虑
- 在实际操作中，如果投标人退股后仍然参与投标，并且没有其他违反法律法规的行为，那么招标人或评标委员会不能因为其曾经的控股管理关系而废标。
我的观点：投标人存在控股管理关系但已退股的情况下，不可以直接因此废标。退股意味着关联关系的解除，投标人应被视为独立的实体参与投标。除非存在其他违反法律法规的行为，否则不能因曾经的控股管理关系而否定其投标资格。如有进一步需要，您可以继续咨询我。