劳动仲裁中加班费的计算不一定完全以合同工资为准。具体情况如下：
合同有明确约定时：
- 如果劳动合同中明确约定了工资数额，并且该约定不低于当地最低工资标准，那么通常以约定的工资作为加班费计算基数。
合同未明确约定或约定不明确时：
- 如果劳动合同未明确约定工资数额，或约定不明确，那么应以实际发放的工资作为计算基数。此时，会综合考虑劳动者正常工作时间的劳动报酬构成等因素来确定。
特殊情况：
- 用人单位直接支付给职工的社会保险福利费用、劳动保护方面的费用等，不应纳入加班费计算基数。
- 如果用人单位与劳动者约定以基本工资作为加班费计算基数，且该基本工资不低于当地最低工资标准，同时符合公平合理原则，这种约定也可能会被认可。
综上所述，劳动仲裁中加班费的计算是一个综合考量的过程，不仅要看劳动合同的约定，还要考虑实际履行情况和相关证据。因此，在申请劳动仲裁时，劳动者应提供充分的证据来证明自己的加班事实和工资情况，以便仲裁机构能够准确核算加班费数额，维护劳动者的合法权益。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。