员工擅自离职（即“跑路”），单位不能随意克扣工资。依据《劳动合同法》规定，单位需要按照劳动合同的约定以及国家相关规定，及时、足额地给员工支付劳动报酬。所以，就算员工擅自离职，单位也无权随意克扣工资。

不过，要是员工因为自身原因离职，确实给单位造成了损失，并且单位有证据来证明损失确实存在以及具体的损失数额，那么单位可以要求员工进行赔偿。但单位每月扣除的赔偿费用不能超过员工当月工资的20%，且扣除后的工资不能低于当地月最低工资标准。

综上所述，面对“跑路扣工资”的情况，员工可以先尝试与单位协商，要求单位足额支付工资。如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁，通过法律途径来维护自己的合法权益。