在三人出资开店，其中一人只出资不出人，剩下两人既出资又出人的情况下，股份合同的分配需要综合考虑出资额、贡献度、风险承担等多个因素。以下是我给出的建议：
按出资比例分配股份：
- 首先，可以根据每个人的出资额来确定基本的股份比例。例如，如果总出资额为100万元，其中一人出资60万元，另外两人分别出资20万元，那么出资60万元的人可以占有60%的股份，另外两人各占20%的基础股份。
考虑出资与出人的贡献度调整股份：
- 鉴于有两人既出资又出人，他们除了资金贡献外，还有时间、精力、管理等方面的贡献。因此，可以协商对这两人的股份进行适当调整，以体现他们的额外贡献。例如，可以协商给这两人的股份各自增加5%，使得他们的股份比例变为25%，而出资不出人的那人股份相应调整为50%。
设定风险承担与收益分配机制：
- 在股份合同中，应明确风险承担与收益分配的比例，确保与股份比例相一致。同时，可以约定在某些特定情况下（如店铺亏损、扩张等）的股份调整机制，以应对未来可能出现的变化。
协商并签订书面股份合同：
- 最后，三方应就股份分配达成共识，并签订书面的股份合同。合同中应详细列明每个人的股份比例、出资额、贡献度、风险承担、收益分配等关键条款，以确保各方的权益得到明确保障。
综上所述，股份合同的分配需要综合考虑多个因素，并通过协商达成共识。如果有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。