首先，我们明确问题的核心：甲方向乙方借款，但乙方将款项打到了丙账户，同时甲方委托丙方代发工资。我们需要探讨这一系列行为的合法性。

1. 关于借款与打款：

   • 甲方与乙方之间的借款行为，只要双方意思表示真实，不违反法律法规的强制性规定，即合法有效。
   • 乙方将款项打到丙账户，这一行为本身并不违法，但关键在于这是否是甲乙双方约定的打款方式，以及丙账户是否确实为甲方指定的收款账户。如果是，则没有问题；如果不是，则可能涉及不当得利或诈骗等法律问题。

2. 关于委托代发工资：

   • 甲方委托丙方代发工资，这一行为在法律上也是允许的，但前提是甲乙双方对此有明确的约定，且丙方具备代发工资的资质和能力。
   • 代发工资通常涉及劳动法、税收等相关法律法规，丙方需要确保按照法律规定进行操作，如代扣代缴个人所得税等。

综合以上分析，我们可以得出以下结论：

• 甲方向乙方借款，乙方打款到丙账户，这一行为本身并不直接决定其合法性，关键在于这是否是双方约定的打款方式，以及丙账户是否确实为甲方指定的收款账户。
• 甲方委托丙方代发工资，只要双方有明确的约定，且丙方具备代发工资的资质和能力，这一行为就是合法的。

因此，整个操作流程的合法性取决于具体的合同约定和实际情况。如果有任何疑问或担忧，建议甲乙双方以及丙方共同咨询专业的法律顾问，以确保所有操作都符合法律法规的要求。当然，如果你有任何进一步的问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。