乙方通过发协议让甲方代发工资，这一行为本身并不直接决定其合法性，关键在于协议的内容以及双方的具体操作是否符合法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
合法性分析
协议内容合法性：
- 如果乙方与甲方之间签订的协议明确约定了甲方代发工资的相关事宜，包括但不限于代发工资的金额、时间、方式等，并且该协议不违反法律法规的强制性规定（如不涉及偷逃税款、不违反最低工资标准等），则该协议在内容上是合法的。
- 协议中应明确双方的权利和义务，确保代发工资的行为不会损害乙方的合法权益，如按时足额支付工资、提供工资单等。
操作过程合法性：
- 甲方在代发工资的过程中，应确保按照协议约定的时间和金额进行支付，不得擅自扣减或延迟支付。
- 甲方应妥善保管与代发工资相关的凭证和记录，以备查验。
- 如果甲方在代发工资过程中存在违法行为（如挪用工资、虚假记账等），则不仅可能损害乙方的利益，还可能面临法律责任。
潜在风险与建议
潜在风险：
- 如果协议内容不明确或存在漏洞，可能导致双方在代发工资过程中产生纠纷。
- 如果甲方在代发工资过程中存在违法行为，乙方可能面临工资被拖欠或克扣的风险。
建议：
- 在签订协议前，双方应充分沟通并明确协议内容，确保协议合法、有效且可执行。
- 乙方应定期对代发工资的情况进行核对和确认，确保工资按时足额支付。
- 如果发现甲方在代发工资过程中存在违法行为或不当操作，乙方应及时采取措施维护自身权益，如向相关部门投诉或寻求法律援助。
法律依据
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按时足额支付劳动者工资，不得克扣或者无故拖欠。虽然这些法律条款直接针对的是用人单位与劳动者之间的关系，但乙方通过协议让甲方代发工资的行为，也应遵循这些基本原则，确保劳动者的合法权益不受侵害。
乙方通过发协议让甲方代发工资的行为，其合法性取决于协议的内容以及双方的具体操作是否符合法律法规的规定。如果协议合法且操作得当，则该行为是合法的；反之，则可能面临法律风险。因此，在签订协议和进行代发工资操作时，双方应谨慎对待并确保合法合规。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。