工厂克扣休息时间，休息30分钟扣20分钟是不合法的。

首先，从劳动法的角度来看，劳动者享有休息的权利。工厂在安排工作时，应确保劳动者有足够的休息时间，以保障劳动者的身体健康和工作效率。如果工厂无故克扣劳动者的休息时间，那么这种行为就侵犯了劳动者的合法权益。

其次，工厂克扣休息时间的行为也可能违反劳动合同的约定。劳动合同是劳动者与工厂之间关于劳动权利义务的协议，如果合同中明确规定了休息时间，那么工厂就应当按照约定执行，不得随意克扣。

最后，即使工厂有内部的规章制度，规定休息时间的克扣，但这种规定也不能违反法律法规和劳动合同的约定。如果工厂的规章制度与法律法规或劳动合同相冲突，那么应当以法律法规和劳动合同为准。

因此，工厂克扣休息时间，休息30分钟扣20分钟是不合法的。如果你遇到了这种情况，可以与工厂进行沟通协商，要求工厂按照法律法规和劳动合同的约定安排休息时间。如果工厂拒绝改正，你可以向当地劳动监察部门投诉，维护自己的合法权益。