结论：厂里扣员工40个小时的钱是否合法，需根据具体情况判断，主要看扣款的原因和依据是否符合法律规定。以下从不同角度进行分析：

1. 若扣款是因为员工缺勤：

   • 法律背景：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，员工因缺勤（如旷工、迟到早退等）导致工作时间减少，用人单位有权按照规章制度扣除相应工资。但扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
   • 分析：如果员工确实缺勤了40个小时，且厂里的规章制度明确规定了缺勤的扣款标准，同时该标准符合上述法律限制，那么扣款可能是合法的。但需注意，规章制度需经过民主程序制定并公示，否则可能因程序违法而被认定无效。

2. 若扣款是因为其他原因（如工作失误、损坏财物等）：

   • 法律背景：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
   • 分析：如果扣款是因为员工的工作失误或损坏财物等给厂里造成了经济损失，且劳动合同或规章制度中有明确约定，同时扣款金额和方式符合上述法律限制，那么扣款可能是合法的。但同样需注意，规章制度需合法有效，且扣款需有充分证据支持。

3. 若扣款没有合法依据或违反法律规定：

   • 法律后果：如果厂里扣款没有合法依据（如未明确规章制度、未与员工协商一致等），或者扣款金额、方式违反了法律规定（如扣除比例过高、扣除后工资低于最低工资标准等），那么这种扣款是不合法的。员工有权要求厂里补发被扣的工资，并可能向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

建议：

• 对于员工而言，如果认为厂里的扣款不合法，可以先与厂里协商解决；协商不成的，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
• 对于厂里而言，应确保规章制度的合法性和有效性，明确扣款的标准和程序，并在扣款前与员工进行充分沟通，避免因扣款问题引发劳动纠纷。

示例： 假设员工小张的月工资为5000元，因缺勤40个小时被厂里扣款1000元。如果厂里的规章制度明确规定了缺勤的扣款标准，且该标准符合法律限制（即扣除部分不超过月工资的20%，即1000元，且扣除后工资不低于当地最低工资标准），那么这种扣款是合法的。但如果厂里没有明确的规章制度或扣款标准违反了法律限制，那么这种扣款就是不合法的。

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