连续工作48小时扣工资是否合法，不能一概而论，需要分情况讨论：

1. 若连续工作48小时违反了劳动法关于工作时间的规定，则扣工资的行为不合法

   • 法律背景：根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时。用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。因此，连续工作48小时显然超出了法定的工作时间限制。
   • 法律后果：如果用人单位因劳动者连续工作48小时而扣工资，这种行为不仅违反了劳动法关于工作时间的规定，也侵犯了劳动者的合法权益。劳动者有权要求用人单位支付全额工资，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

2. 若连续工作48小时是劳动者自愿且未违反其他法律规定，但用人单位以此为由扣工资，则同样不合法

   • 法律分析：即使劳动者自愿连续工作48小时，且这种工作安排没有违反其他法律规定（如安全生产规定等），用人单位也不能以此为由扣工资。因为工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位应当按照劳动合同的约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
   • 建议行动：劳动者在遇到这种情况时，应当首先与用人单位进行沟通，要求支付全额工资。如果沟通无果，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

3. 特殊情况下的考虑

   • 不可抗力或紧急任务：在某些特殊情况下，如不可抗力（如自然灾害、突发事件等）或紧急任务（如抢险救灾等），用人单位可能需要劳动者连续工作较长时间。但即使在这种情况下，用人单位也应当遵守相关法律法规，保障劳动者的休息权和健康权，并按照国家规定支付加班费或安排补休。如果用人单位以此为由扣工资，同样是不合法的。
   • 劳动合同或规章制度：如果劳动合同或用人单位的规章制度中有关于连续工作时间的特别规定，且这些规定不违反国家法律法规的强制性规定，那么应当按照这些规定来执行。但无论如何，用人单位都不能以连续工作为由扣工资。

总结与建议：

连续工作48小时本身就可能违反了劳动法关于工作时间的规定，用人单位以此为由扣工资更是不合法。即使劳动者自愿连续工作或存在特殊情况，用人单位也应当遵守相关法律法规，保障劳动者的合法权益。因此，如果用人单位因您连续工作48小时而扣工资，您有权要求支付全额工资，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。