当在职员工患癌症时，公司应根据相关法律法规和人文关怀的原则来处理。以下是一些具体的建议：
一、确认医疗期
首先，公司需要明确员工的医疗期。根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，医疗期是指企业职工因患病或非因工负伤停止工作治病休息不得解除劳动合同的时限。对于患有特殊疾病（如癌症）的员工，医疗期可以适当延长，但具体时长需根据员工实际参加工作年限和在本单位工作年限，以及病情严重程度来确定。
二、遵守法律法规
不解除劳动合同：在员工医疗期内，公司不得随意解除劳动合同。如果员工在医疗期满后仍不能从事原工作，也不能从事由公司另行安排的工作，公司需提前30日以书面形式通知员工本人或者额外支付员工1个月工资后，才可以解除劳动合同。
劳动能力鉴定：医疗期满后，如果员工因患病或非因工致残，公司应协助员工进行劳动能力鉴定。被鉴定为完全丧失劳动能力的员工，可以按照规定办理退休、退职手续，并享受相应的待遇。
三、提供人文关怀
关心员工健康：公司应关心员工的身体健康状况，定期询问员工病情，提供必要的帮助和支持。
调整工作岗位：在员工病情允许的情况下，公司可以考虑为员工调整工作岗位，以便员工能够更好地适应工作并继续为公司做出贡献。
给予经济支持：虽然《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》已经废止，公司不再有支付医疗补助费的义务，但可以考虑根据员工的实际情况和公司的经济状况，给予一定的人道主义补助或援助。
四、处理流程
与员工沟通：首先与员工进行坦诚沟通，了解其病情和治疗计划，同时告知公司的相关政策和规定。
确定医疗期：根据员工的实际情况和医疗证明，确定其医疗期。
安排工作调整或休假：在医疗期内，根据员工的身体状况和工作能力，安排适当的工作调整或休假。
关注员工康复情况：定期关注员工的康复情况，根据其身体状况及时调整工作安排。
依法处理劳动关系：在医疗期满后，根据员工的康复情况和劳动能力鉴定结果，依法处理劳动关系。
总之，当在职员工患癌症时，公司应遵守相关法律法规，提供必要的人文关怀和支持，同时确保处理流程的合规性和合理性。