针对“商品房买卖合同因预售许可证办理违法”的案件，处理方式可以归纳为以下几个步骤：
一、明确纠纷类型与合同效力
无证卖房情况：
- 若开发商在起诉前仍未取得预售许可，购房者可以请求确认合同无效。
- 若在购房者起诉前开发商已经取得了预售许可，则合同可认定为有效。
行政程序问题：
- 若因行政程序问题（如材料不齐全）导致预售许可被撤销或存在纠纷，应督促开发商尽快补齐材料或解决行政程序问题。
- 若开发商因违规被撤销预售许可，已购房的业主可以要求开发商承担违约责任，包括赔偿损失、退款付息等。
二、协商与投诉
与开发商协商：
- 购房者首先应与开发商进行协商，尝试通过和解的方式解决纠纷。
向房管部门投诉：
- 若协商无果，购房者可以向当地的房地产管理部门（如房管局）进行投诉，请求其介入调查并处理。
三、法律途径维权
仲裁：
- 如果合同中约定了仲裁条款，购房者可以根据合同中的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁，通过仲裁方式解决纠纷。
诉讼：
- 若合同中没有仲裁条款，或者购房者选择不通过仲裁解决，可以直接向人民法院提起诉讼，要求开发商承担相应的法律责任。
四、对违法预售的处罚
法律责任：
- 根据《中华人民共和国城市房地产管理法》及相关法规，开发商若违法预售商品房，将面临责令停止预售活动、没收违法所得、罚款等行政处罚。
行政处罚程序：
- 相关部门在发现违法预售行为后，将进行立案、调查、审查、告知、决定、送达和执行等一系列行政处罚程序。
五、总结与建议
在处理此类案件时，购房者应首先明确纠纷类型与合同效力，尝试与开发商协商解决。若协商无果，可以向房管部门投诉或选择法律途径维权。同时，开发商也应遵守相关法律法规，确保预售许可证的合法办理，避免引发纠纷。对于购房者而言，选择正规开发商、查看预售许可证等证件的合法性是预防此类纠纷的关键。