关于员工申请工伤认定公司应该如何书面回复的问题，以下是一个综合性的回复建议：

首先，公司应明确表达对员工工伤申请的重视与关心，并详细说明接下来的处理流程。

1. 表达关切与重视：

   • 尊敬的[员工姓名]，我们已收到您的工伤认定申请，对您在工作中发生的意外深表关切，并高度重视您的工伤申请。

2. 说明处理流程：

   • 我们将立即启动工伤认定程序，并指派专人负责与您对接，确保整个流程顺畅进行。
   • 接下来，我们将收集相关医疗证明、事故现场照片或视频、目击者证言等必要材料，以便详细了解事故情况。

3. 阐述公司责任与配合：

   • 公司将全力配合您完成工伤认定的所有程序，包括但不限于提交申请、参与调查、提供必要资料以及后续的工伤认定听证会等。
   • 请保持手机畅通，我们的工作人员会及时与您联系，沟通相关事宜。

4. 告知员工后续联系与关注：

   • 在整个工伤认定过程中，如有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时与我们联系。
   • 我们会密切关注您的工伤认定进展，并及时向您通报最新情况。

5. 表达公司对员工健康的关心：

   • 同时，公司也关心您的身体状况，希望您早日康复。

请根据实际情况调整上述模板中的[员工姓名]等具体信息，以确保回复的个性化与准确性。如果您有任何关于工伤认定的具体法律问题或需要进一步的法律咨询，可以直接向我提问，我作为专业律师，将为您提供详细的法律解答与帮助。