员工申请仲裁时，公司提出调解，员工可以要求直接损失。具体分析如下：

在劳动仲裁过程中，如果公司提出调解，员工是有权要求直接损失的。直接损失通常指的是因公司的违法行为或违约行为直接导致员工遭受的经济损失，比如未支付的工资、加班费、奖金、福利等，或者因公司行为导致的其他直接经济损失。

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，当事人可以申请调解解决劳动争议。在调解过程中，双方可以就争议事项进行协商，包括赔偿直接损失等。
   • 同时，根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按时足额支付劳动者的工资等劳动报酬，并承担因违反劳动合同或劳动法规定而给劳动者造成的经济损失。

2. 调解过程中的权利：

   • 在调解过程中，员工有权提出自己的诉求，包括要求公司赔偿直接损失。调解员会根据双方的意愿和法律规定，进行居中调解，促使双方达成和解协议。
   • 如果调解成功，双方可以签订和解协议，明确赔偿金额和支付方式等事项。如果调解不成，员工可以继续通过仲裁或诉讼等方式维护自己的合法权益。

3. 注意事项：

   • 员工在提出直接损失赔偿时，应提供充分的证据来证明自己的损失。这包括但不限于工资单、加班费计算表、奖金发放记录等。
   • 如果员工对调解结果不满意，或者公司未按照和解协议履行赔偿义务，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼。

综上所述，员工在申请仲裁时，如果公司提出调解，员工是有权要求直接损失的。在调解过程中，员工应充分表达自己的诉求，并提供充分的证据来支持自己的主张。如果调解不成，员工可以继续通过法律途径来维护自己的合法权益。