五险一金的缴纳确实部分会从员工的工资中扣除，但并非全部。实际上，五险一金的缴费是由公司和员工双方共同承担的，而且公司承担的比例通常要高于员工。

具体来说，各项保险的费用分担如下：

1. 养老保险：公司负担19%，员工负担8%。
2. 失业保险：公司负担0.8%，员工负担0.2%。
3. 生育保险和工伤保险：这两项费用全部由公司承担，员工无需支付。
4. 医疗保险：公司负担10%，员工负担的比例相对较低。

此外，关于五险一金的扣除方式，它并非仅仅从基本工资中扣除。因为员工的收入构成通常比较多样，包括底薪、津贴、绩效奖金、佣金等。在发放工资时，雇主通常会将这些薪酬合并计算，然后按照规定的比例一次性扣除五险一金的费用。

另外，五险一金的缴纳基数也并非基本工资，而是通常以上一年度月平均工资为缴费基数。如果工资低于当地月最低工资标准，则以月最低工资标准为基数；如果高于当地职工月平均工资的300%，则以当地职工月平均工资的300%为基数。

综上所述，五险一金的缴纳和扣除涉及多个方面，包括费用分担、扣除方式以及缴纳基数等。希望这些解答能够帮助您更清晰地了解五险一金的相关制度。