五险一金的扣除并非仅从底薪中扣除，而是基于员工的月工资总额来确定缴纳基数，这个总额通常包括基本工资（底薪）、奖金、津贴等全部收入。在确定缴纳基数后，五险一金的个人部分会从这个基数中扣除。

具体来说，如果员工的工资构成比较单一，只有底薪，那么五险一金的个人缴纳部分就直接从底薪中扣除。然而，在大多数情况下，员工的工资会包括底薪、绩效、奖金、津贴等多项内容，这时五险一金的扣除基数就是应发工资，即扣除五险一金和个人所得税之前的全部工资收入。

此外，五险一金的缴纳基数还有上下限的规定。如果员工的工资低于当地规定的缴费基数下限，那么会按下限作为缴费基数；反之，如果工资高于上限，则会按上限作为缴费基数。

总的来说，五险一金的扣除方式并不是简单地从底薪中扣除，而是根据员工的实际月工资和当地的政策规定来确定。因此，每个员工的五险一金扣除情况可能会有所不同。希望这个解释能帮助您更好地理解五险一金的扣除方式。